En el continente de Fodlán, la tierra se divide en tres grandes reinos: al sur y al oeste, el Imperio Adrestiano, el Santo Reino de Faerghus al norte, y la Alianza de Leicester al este. En el centro se encuentra el monasterio de Garreg Mach y la Academia de Oficiales, que a su vez consta de tres casas pobladas por estudiantes de las tres naciones rivales: las Águilas Negras, los Leones Azules y los Ciervos Dorados.

El jugador tiene el control del personaje Byleth, al que le puede poner nombre y género, y que parte de un grupo de mercernarios liderado por su padre Jeralt. Después de un incidente inesperado, el personaje recibe la misión de dirigir la academia, y a medida que va enseñando a los alumnos, incluidos los herederos de sus respectivos reinos (Edelgard, Dimitri, Claude), comienza a tener visiones de Sothis, una niña que solo ellos pueden ver.